Meskipun sebelumnya pernah bekerja sama, Sultan Mahmud Badaruddin II tidak mengakui pendudukan Palembang oleh Ingris. Ia berupaya melakukan perlawanan mengusir Inggris dari Palembang. Perlawanan itu menghasilkan kekalahan pada pasukan Sultan Mahmud Badaruddin II dan ia terpaksa menyingkir ke Muara Rawas. Setelah Sultan Mahmud Badaruddin II tersingkir, Inggris kemudian menunjuk Ahmad Najamudin II sebagai penguasa boneka yang merupakan adik kandung Sultan Mahmud Badaruddin II.
Sesuai konvensi London pada tanggal 13 Agustus 1814, Inggris harus mengembalikan Indonesia kepada Belanda. Pada bulan Juni 1819 Inggris mengembalikan tahta kerajaan kepada Sultan Mahmud Badaruddin II dan Belanda kemudian mengambil alih Palembang dari Inggris. Rakyat palembang kembali mengadakan perlawanan kepada Belanda yang kembali hendak menguasai Palembang, perang pun mulai pecah. Belanda terus melakukan serangan dan berusaha merebut keraton kerajaan Palembang, namun usaha itu terus gagal dikarenakan perlawanan sengit dari pasukan kerajaan dan rakyat Palembang. Belanda juga berusaha mengajak damai Sultan Mahmud Badaruddin II dengan melakukan perundingan tapi Badaruddin II menolaknya.
Pada tahun 1821 pertempuran besar kembali pecah, Belanda mengirimkan pasukan yang besar untuk menyerang Palembang. Dalam serangan kali ini Belanda berhasil menduduki Benteng Kembar dan Plaju sehingga membuka jalan menuju palembang. Belanda meminta Badaruddin II untuk menyerah, tetapi ia tidak mau menyerah. Belanda kemudian melancarkan serangan besar yang membuat Sultan Mahmud Badaruddin II terdesak dan pada 1 Juli 1821 Belanda berhasil menduduki keraton dan menangkap Badaruddin II. Ia kemudian di asingkan ke Ternate dan meninggal disana pada tanggal 26 Nopember 1852.